Langt de fleste, der træder ind i Sct. Mortens Kirke, overvældes af det store lyse og flotte rum. Reaktionen er typisk den at man et stykke oppe ad kirkegulvet standser for derefter at dreje sig rundt. Her ses så i kirkens vest ende den store og pragtfulde orgelfacade. Det var viceborgmester Søren Simonsen der i 1751 fik til opgave at opføre et nyt orgel. Prisen blev i kontrakten fastsat til 895 rigsdaler. Søren Simonsen var godt begavet og autodidakt i alt, hvad han beskæftigede sig med. Han var udover at være orgelbygger også landmåler, mekanikus, grossist og sukkerraffinadør. Orglet stod færdig og godkendt den 21. juni 1753. Bortset fra små ændringer, lidt reparationer og klanglige justeringer, fungerede orglet således helt frem til 1918. Det år blev alt bag facaden udskiftet meget langt større værk opført af orgelbygger A. C. Zachariassen i Århus. Atter i 1952 foretog Marcussen og søn i Åbenrå en ombygning og i forbindelse med en stor kirkerestaurering i 1976 foretog orgelbygger P. G. Andersen i perioden 1974-77 forskellige reparationer og fortrinsvis klanglige ændringer.
En ualmindelig hård vinter i 1984-85 gjorde det klart at tiden var inde til en omfattende og bekostelig fornyelse, idet den strenge frost havde gjort næsten halvdelen af orgelet ubrugeligt. I 1993-94 blev der således foretaget en stor orgelrestaurering, der var færdig kort før Sct. Mortens Kirkes 500 års jubilæum. Det udførte arbejde blev meget rost for fin håndværksmæssig kvalitet. Fremhæves skal også at Sct. Mortens Kirkes orgel har bevaret sit klanglige særpræg og er med sikkerhed blandt et af landets bedste orgler, hvis ikke det bedste.

Christian III (1534-59) boede nogle gange i Randers i vinterhalvåret, og det er således ikke utænkeligt, at det såkaldte svaleredeorgel, som blev nedtaget i midten af 1700-tallet, dengang var bygget med økonomisk støtte fra selveste kongen.